Hubo algunos cambios en PHP 5 relacionados con las bases de datos (MySQL y SQLite).
En PHP 5 las bibliotecas de cliente MySQL no se incluyen, debido a problemas de licencia, entre otros. Para más información, lea la entrada del FAQ.
También hay una nueva extensión, MySQLi (MySQL Mejorado), la cual está diseñada para trabajar con MySQL 4.1 y superior.
A partir de PHP 5, la extensión SQLite viene incorporada en PHP. SQLite es un motor de bases de datos embebible y no es una biblioteca de cliente usada para conectarse con un servidor grande de bases de datos (como MySQL o PostgreSQL). La biblioteca SQLite lee y escribe directamente hacia y desde los archivos de bases de datos en disco.