Una opción bastante segura es colocar el intérprete binario de PHP en alguna parte por fuera del árbol de archivos web. En /usr/local/bin, por ejemplo. El único inconveniente real con esta alternativa es que ahora usted tendrá que colocar una línea como esta:
#!/usr/local/bin/php
Para lograr que PHP gestione correctamente la información de PATH_INFO y PATH_TRANSLATED con este tipo de configuración, el intérprete PHP debe haber sido compilado con la opción de configuración --enable-discard-path.