Incluir contenido activo en los directorios de documentos del servidor web, como scripts y ejecutables, es considerada en ocasiones una práctica insegura. Si, por algún fallo de configuración, los scripts no llegaran a ser ejecutados sino desplegados como documentos HTML normales, esto podría resultar en la revelación de información crítica como trabajos cubiertos por normas de propiedad intelectual o datos de seguridad como contraseñas. Por lo tanto muchos administradores de sistemas preferirán la configuración de otra estructura de directorios para los scripts que sean asequibles únicamente a través del CGI PHP, y por lo tanto deben ser interpretados siempre y no desplegados directamente.
Así mismo, si el método para asegurarse de que las peticiones no son redireccionadas, tal y como se describió en la sección anterior, no está disponible, es necesario entonces configurar un directorio raíz (doc_root) de scripts que sea diferente al directorio raíz de documentos web.
Puede definir el directorio raíz para scripts de PHP mediante la directiva de configuración doc_root en el archivo de configuración, o puede darle un valor a la variable de entorno PHP_DOCUMENT_ROOT. Si ésta está definida, la versión CGI de PHP construirá siempre el nombre del archivo a abrir con este doc_root y la información de la ruta dada en la petición, de modo que puede estar seguro de que ningún script será ejecutado por fuera de este directorio (excepto por aquellos indicados en user_dir , como se verá a continuación).
Otra opción que puede ser usada en este caso es user_dir. Cuando user_dir no está definida, lo único que controla la apretura de archivos es doc_root . Abrir una URL como http://mi.servidor/~usuario/doc.php no resulta en la apertura de un archivo bajo el directorio personal del usuario, sino de un archivo llamado ~usuario/doc.php bajo la ruta doc_root (así es, un directorio cuyo nombre comienza por el caracter de equivalencia [~]).
Si user_dir está definido como, por ejemplo, public_php, una petición como http://mi.servidor/~usuario/doc.php abrirá un archivo llamado doc.php bajo el directorio con el nombre public_php ubicado en el directorio personal del usuario. Si el directorio personal del usuario es /home/usuario, el archivo ejecutado es /home/usuario/public_php/doc.php.
La expansión del valor de user_dir ocurre independientemente del parámetro doc_root , de modo que es posible controlar el directorio raíz de los documentos y el acceso a los directorios de los usuarios en forma separada.