Siguiendo con los bricoconsejos para trabajar con MySQL y UTF8, dejo aquí los parámetros que hay que modificar en el fichero de configuración my.cnf para que todo se ejecute por defecto en UTF8.
[mysqld]
character-set-filesystem=UTF8
character-set-server=UTF8
default-collation=UTF8_general_ci
default-character-set=UTF8
[client]
default-character-set=UTF8
[mysqldump]
default-character-set=UTF8